Etwa zur gleichen Zeit studierte in Japan der junge Minoru Shirota die Werke von Louis Pasteur und Ilja Metschnikoff und konzentrierte seine Forschung auf Milchsäurebakterien, die das Potenzial zeigten, die Gesundheit beeinflussen zu können. 1930 gelang es ihm erstmals, ein Milchsäurebakterium zu selektieren und kultivieren, das gegenüber Magen- und Gallensäuren resistent war. Sein damaliger Professor gab dem Bakterium den Namen L. casei Shirota. Es dauerte weitere fünf Jahre, bis es Dr. Shirota gelang, ein gut schmeckendes, preisgünstiges Getränk auf der Basis von Kuhmilch zu entwickeln, um diese Bakterien möglichst vielen Menschen zugänglich zu machen.
Für den Namen orientierte er sich am dem Wort für Joghurt in Esperanto – einer Sprache, die weltweit gesprochen werden sollte. So wurde aus „jahurto“ Yakult, welches als erstes kommerzielles Milchprodukt mit Milchsäurebakterien 1935 – zunächst in Japan – in den Markt eingeführt wurde.
In den 1960er-Jahren, als sich die Grenzen der Antibiotika-Behandlungen durch vermehrt auftretende Antibiotikaresistenzen offenbarten, nahm die Wissenschaft den probiotischen Gedanken wieder auf. Der Name „Probiotika“, der auf einem Vorschlag des Hygienikers und Ernährungswissenschaftlers Werner Kollath (1953) beruht, etablierte sich. (4) Seitdem – und vermehrt mit Beginn des 21. Jahrhunderts – rückten Probiotika ins Zentrum des wissenschaftlichen Interesses, und die Anzahl der Studien stieg rasant. (5) Als weitere Meilensteine der Probiotikaforschung gelten die Isolierung des Lactobacillus rhamnosus GG-Stammes aus dem Darm eines gesunden Menschen durch Gorbach und Goldin im Jahr 1983 (6) sowie die Beschreibung der Darm-Hirn-Achse durch Dinan und Cryan 2013 (7).